南通大学循证医学中心成立于2009年3月，设有工作指导委员会和领导小组。循证医学中心挂靠南通大学医学院，与南通大学医学信息学系、南通大学数字医学研究所合署办公。第六届亚太地区循证医学研讨会，教育部科学技术司宣布了经筹建两年且通过验收的第三批循证医学教育部网上合作研究单位，“循证医学教育部网上合作研究中心南通大学分中心”正式成立。
　 中心自成立以来，不断加强循证医学学科与梯队建设，积极开展循证教学、科研、培训与社会服务与位于三省一市的南通大学各附属、教学医院共同进行循证医学实践和研究，共建平台，联合攻关，为推动循证医学在江苏省内的发展发挥积极作用。

　 中心与南通大学及合作高校的计算机科学、信息管理学、卫生管理学、流行病学与卫生统计学、护理学等学科团队建立学术交流与合作关系。同时，中心与南通大学各附属及教学医院以及卫生主管部门有着密切的学术联系。学科交叉与融合推动了中心科研、教学等各项工作的开展。中心教师为医院开展循证医学传播和社会服务工作。通过培训，帮助医务工作者和卫生管理人员用证据解决问题，参与循证临床科研和实践，发表研究论文。